San Miguel el Alto es una ciudad colonial que tiene un gran arraigo cultural, sus orígenes se remontan al siglo XII cuando en la época prehispánica fue asentamiento de grupos indígenas de origen náhuatl, conocidos en la zona como cazcanes, cocas o texcuexes y zacatecos.
En el siglo XVI llegan los primeros españoles junto con los evangelizadores más importantes de toda la región que son Fray Miguel de Bolonia y Fray Juan de San Miguel. Los antecedentes históricos puntualizan que este territorio toma forma desde 1542 aproximadamente, después que se funda Guadalajara en el Valle de Atemajac, según Medina de la Torre en 1548 se repobló y refundó con grupos de personas provenientes de San Gaspar (Municipio de Jalostotitlán), quienes se instalaron en el Punto del Agua Caliente y La Cantería, ambos barrios de San Miguel;
En 1562 se funda la Parroquia de los Tecuexes ubicada en el municipio de Jalostotitán, a la que pertenecían varios de los actuales municipios alteños entre ellos San Miguel el Alto, esto marca la implantación de la religión católica en el municipio y con ello el mestizaje español – indígena. En 1769 se reconstruye el Santuario de la Purísima Concepción dándole un aspecto más fortificado y elegante, funcionando como vicaría Parroquial de Jalostotitlán. Desde este momento iniciamos con la separación de la Parroquia de Jalostotitán, sin embargo oficialmente fue hasta 1832 cuando se erige la Parroquia de San Miguel Arcángel. Estos hechos de separatismo iniciaron con una rivalidad que se acentuó hasta mediados del siglo XX.
El 22 de abril de 1822 se erigió como municipio como resultado de la petición que su población hizo al alcalde de Lagos de Moreno, Antonio Gutiérrez. Esto nos convierte en un municipio libre y soberano.
El nueve de enero de 1854, siendo Presidente de la República Antonio López de Santa Ana, se emite el decreto para el establecimiento del impuesto de puertas y ventanas, razón que hasta en los tiempos actuales nos muestra muchos edificios con puertas y ventanas bloqueadas para evitar el pago de dicha contribución. Se decía en la época que ya se quería cobrar hasta por respirar, lo que se vio como un gran exceso del gobierno de este Presidente.
En 1859 las leyes de Reforma toman fuerza y con ello la inminente separación Iglesia – Estado. Esto trajo una respuesta inmediata de la sociedad sanmiguelense debido a las profundas raíces católicas, lo que sintieron como una agresión contra los católicos mexicanos, aunque la idea central de este cambio fue un pleito de ingresos.
En el Porfiriato desde 1877 hasta 1910 se mostró una sociedad clasista. Nuestro municipio contaba con varias haciendas de importancia como las de Nacaspiloya, Buenavista, Ventanillas, Mirandilla, San Juanico y Tierra Blanca siendo algunas de las más sobresalientes. Este trazo histórico fue ejemplo de abusos, tiranía y esclavitud.
En tiempos de la Revolución sobresalió el combate entre Villistas y Revolucionarios Obregonistas en el centro de la ciudad, donde fallece el día 06 de junio de 1915 el Coronel Miguel Guerrero conocido como el Tigre de Tijuana, jefe del Operativo Obregonista. En este evento murieron más de 500 personas entre ambos bandos.
Entre 1926 y 1929 se registraron fuertes combates entre cristeros y militares por las disputas surgidas a raíz del decreto de Reformas y Adiciones al Código Penal que emitió el Presidente de la República Plutarco Elías Calles. Aquí surgió el escuadrón de cristeros denominado Los Dragones, liderado por el legendario Victoriano Ramírez López El Catorce.
El 25 de agosto de 1970 se le concedió el título de ciudad. En el año 2001 se expidió el decreto que lo convierte en Zona de Monumentos Históricos. Y en el año 2013 sus fiestas patronales septembrinas se convierten en Patrimonio Cultural Inmaterial.